למערכת החיסון תפקיד חשוב בהגנה על הגוף מפני פולשים זרים החודרים אליו. גורם זר יכול להיחשב מיקרו-אורגניזם (חיידק, נגיף, פטרייה או טפיל), גרגר חול או כל גורם אחר שאינו חלק מגוף האדם.

סוגי מיקרו-אורגניזמים הגורמים למחלות:

נגיף - חלקיק זעיר ביותר הבנוי מחומר תורשתי המוקף במעטפות שומניות וחלבוניות.על מנת להתקיים, חייב הווירוס לפלוש אל תוך תא חי (הוא אינו יכול לשרוד אל מחוץ לו או בתוך תא מת). מרגע שפלש אל תא חי,יכול הווירוס להתקיים בשתי צורות:

1. לחיות בשלום עם התא המאחסן (מצב זה נקרא גם מצב לטנטי בו הווירוס כביכול "רדום" בתוך תא המאכסן אותו, אולם הוא אינו משתכפל בו או גורם לו כל נזק). 

2. לגרום לאותו התא לייצר עוד וירוסים כמותו- במצב זה הופך הווירוס ל"נצלן"-  ובסופו של תהליך זה, התא מתפוצץ ומשחרר וירוסים רבים אשר תוקפים תאים נוספים.

ישנם סוגי וירוסים רבים, כל אחד מהם תוקף סוגים שונים של תאים בגוף ולגרום למחלות וזיהומים:

חיידק (בקטריה) - הוא יצור חי המזכיר במבנהו תא בגוף. החיידקים פולשים לגוף וחיים בין תאי הגוף או בתוך התאים. בניגוד לוירוסים שאינם מסוגלים להתרבות בעצמם, החיידקים מתרבים על-ידי חלוקה בדומה לתאי הגוף.

פטרייה - יצור חי הגורם למחלות שונות (לדוגמא קנדידה).

טפיל (פרזיט) - יצור שחי בתוך או על יצור אחר, הקרוי פונדקאי (host), וממנו הוא משיג מזון או חומרים אחרים החיוניים לקיומו התקין ולהתרבותו (לדוגמא תולעים).

אנטיגן - חלקיק מגורם זר (לא עצמי) המעורר תגובה חיסונית בגוף.

רכיבי מערכת החיסון:

• ההגנה ראשונה – חיצונית: קו ההגנה הראשון והמשמעותי ביותר הוא העור. (העור מורכב משלוש שכבות שונות, ולכן חתך קטן ושטחי אינו פוגע ביכולת הגנה זו) חיידקיים ונגיפים למיניהם אינם יכולים לחדור אל גוף האדם דרך העור.

• הגנה שנייה – חיצונית: קו ההגנה השני הבא במגע עם העולם החיצון הוא הרקמות הריריות. רקמות אלו מסוגלות לספוג ולהפריש נוזלים שונים. בגוף האדם קיימות שש רקמות ריריות והן: עין, תעלות האף, חלל הפה ובית הבליעה, קצה הפין ובית השופכה, נרתיק ופי הטבעת. דרך רקמות אלה תיתכן חדירה של וירוסים או חיידקים (שפעת) לגוף האדם, אך בתוך רקמות אלה מרכיבים מיוחדים שונים המסוגלים למנוע חדירה של חלק המזהמים לגוף האדם. לכל רקמה קיימים מאפיינים חיסוניים משלה.

• הגנה שלישית – פנימית: הגנה זו מורכבת משורת התאים הלבנים ומנוגדנים הנמצאים בזרם הדם ובלימפה. מערכת הלימפה ומח העצם אחראים, בין השאר, על ייצור שורת התאים הלבנים. חלק מהתאים הלבנים אחראים על זיהוי הגורם הזר. התאים מסוגלים לזהות חלקים שונים של הגורם הזר, כלומר לזהות אנטיגנים שונים. לאחר זיהוי האנטיגן פועלים התאים הלבנים נגד הגורם הזר גם על-ידי ייצור נוגדנים ספציפיים, וגם ישירות על ידי הרג הגורם הזר. 

בעת הצורך מערכת החיסון מסוגלת להפסיק את פעולתה.

תאי מערכת החיסון (קו ההגנה השלישי):

א. פגוציטים - תאים בלעניים, הבולעים גורמים זרים שחודרים לגוף.

ב. לימפוציטים - תאי T ותאי B:  

1. (T4 (CD4, Thelper – תת קבוצה של תאי T, תפקידם בין השאר הוא לחשוף אנטיגנים ולעורר פעילות נוספת של מערכת החיסון.  

2. (T8 (CD8 – תת קבוצה של תאי T, אשר תפקידם להרוג תאי גוף הנגועים בסרטן או בנגיף.  

3. תאי B – תפקידם לייצר נוגדנים ספציפיים לאנטיגן מסוים. נוגדן הינו חלבון שתפקידו להקשר לאנטיגנים. חיבור הנוגדן לאנטיגן מאפשר את זיהוי האנטיגן, וחיסול הפולש הזר.

בשפה פשוטה:

• קו הגנה ראשון = עור: חומת הפרדה, אין כניסה לשום דבר ללא הבחנה.
• קו הגנה שני = רקמות עדינות: מוקשים, מנטרל כניסת אויבים בחלק מהמקרים.
• קו הגנה שלישי = תאים לבנים: חיילים, לחימה ממוקדת.

בימי שלום מסיירים פטרולים (פגוציטים/פאקמנים) בכל הגוף, כולל ריריות, לאורך חומת ההפרדה ומחפשים את המסתננים (גורם זר), האויבים העוינים. כשהמפטרל נתקל במסתנן שאינו מכיר, הוא בולע אותו ולוקח אותו למפקדה (לימפה) כשבוי, מטרת השבי היא הוצאת מידע מהאויב, כלומר להכיר את הגורם הזר (האנטיגן). במפקדה (לימפה) הצבא לומד לייצר נשק נגד הגורם הזר (ייצור נוגדנים כנגד האנטיגן ותאים שהורגים). כעת המפקדה מייצרת ושולחת חיילים מאומנים נגד המסתנן הספציפי לשאר הגוף על מנת להילחם בו.